یکی از مراحل استقرار سیستم‌های برنامه‌ریزی منابع سازمان، انتخاب نرم‌افزار مناسب است. طی فرآیند انتخاب نرم افزار، از میان محصولات موجود در بازار، موردی که بیشترین انطباق با نیازمندی های سازمان را داشته باشد، انتخاب می شود. با توجه به اینکه نیازمندی‌های سازمان در زمینه سیستم برنامه‌ریزی منابع سازمان، بسیار تفصیلی و گسترده بوده و محصولات ارائه شده نیز دارای ویژگی‌ها و قابلیتهای مختلفی هستند، انتخاب نرم‌افزار در استقرار سیستم، مقوله بسیار مهمی می‌باشد. سیستم‌های برنامه‌ریزی منابع سازمان در ابتدا عمدتا برای سازمان های تولیدی عرضه می‌شدند.
لیکن در حال حاضر تولیدکنندگان این سیستم‌‌ها، محصولاتی را منطبق بر نیازمندیهای صنایع خاص عرضه نموده‌اند. هم اکنون کمتر صنعتی را می‌توان یافت که سیستم برنامه‌ریزی منابع سازمان در آن نفوذ نکرده و توسعه نیافته باشد. فرآیند انتخاب نرم‌افزار با توجه به کسب و کار اصلی و نیازمندیهای کلیدی سازمان، از میان محصولات موجود به جستجو پرداخته و محصول مناسب انتخاب می شود. در مراحل انتخاب نرم‌افزار بررسی می شود که در محدوده کسب و کار سازمان چه سیستم هایی عرضه شده‌اند و هرکدام دارای چه ویژگی‌ها و توانمندی‌هایی می باشند.